中心独立拥有普通实验室#409和PI实验室#514，配备有超纯水机、通风橱、冷冻干燥机、样品研磨机、真空手套箱、高温管式炉、真空抽滤系统等用以满足样品前处理需求；配备有各类测汞仪器（Lumex 915M-固液气、Lumex 915F-复杂固体基质、Tekran2600-液体痕量汞）用以地质环境样品的汞含量测试。此外，中心还将购置Tekran2700，用于剧毒甲基汞含量的测试。
在野外观测方面，中心购置了1）实验台站Extralab系统，用于流域尺度上水质基本参数和元素含量的长期在线监测；2）大气形态汞系统（Terkan 2537/1130/1135），用于野外长期在线监测大气气态零价汞、气态二价汞以及颗粒态汞的含量。这些野外监测仪器将配合其他中心的野外监测仪器，布局到滨海野外监测台站，实现多参数联合观测。
